质量手册未包括或引用形成文件的程序。（3）对标准的剪裁不合理。（4）质量手册不是最高管理者签发。（5）质量手册不能完整反映该组织的性质特点。（6）程序文件中规定的控制和操作方法与现行的运用不一致。（7）程序文件与质量手册不协调一致。
在ISO9001质量管理体系审核中，常见的不合格项主要集中在质量管理体系、管理职责、资源管理、产品实现、测量、分析和改进等几个方面。质量管理体系不合格项包括：质量手册内容不全面、质量手册未包括或引用程序文件、程序文件与手册不一致、文件控制不严格、记录控制不完善等。
质量管理体系：包括质量手册、文件控制、记录控制等。常见的不合格项涉及手册一致性、文件控制的完整性、记录的有效性等。管理职责：涵盖管理承诺、以顾客为关注焦点、质量方针和目标等。常见不合格项包括承诺证据不足、顾客需求确认缺失、方针明确度不够、目标可衡量性差等。
检验记录不全或保存不妥。 （5）抽样检验不规范。 （6）检验人员不合格。 不合格品控制（标准条款3） （1）没有程序或程序不适用。 （2）出了不合格品不标识。
在质量管理体系审核中，审核员常常发现五大类不符合项，以下是总结的常见问题点：质量管理体系方面：包括质量手册、文件控制、记录控制，如手册的编制、程序文件一致性，以及文件的控制和更新管理。
